Il film procede dal punto di vista della fata Malefica e ne delinea infanzia e fanciullezza. Il mondo terreno è diviso in due regni: in uno vige la legge degli uomini, assoggettati al potere e alla smania di possesso, i quali hanno bisogno di un re che li governi; l'altro regno è invece amministrato da fate e altre creature magiche che vivono in armonia e in assenza di governanti in quanto "si fidano l'uno dell'altro"; tale regno viene descritto con poetica bellezza come il "regno della brughiera", dove gli uomini non si sono mai spinti.
Qui vive Malefica, una fatina con grosse corna marroni e ali magnifiche che la portano dovunque lei desideri. Malefica è una creatura dolce e ingenua ma anche molto saggia. Un giorno conosce Stefano, un giovane che si avventura nella brughiera per rubarne una pietra preziosa. Malefica riesce a recuperare la pietra ma poi si innamora del giovane e lo aspetta per molti anni. Lui però smarrisce la sua anima e dimentica Malefica che nel frattempo è cresciuta ed è diventata la più potente tra le fate.
Stefano ritorna a cercare Malefica ma non per amore, come lei spera, bensì per tenderle un insidioso inganno: da tempo i due regni sono in conflitto e il re promette ai suoi generali la corona reale in cambio della vita della potente fata che gli impedisce di conquistare la Brughiera. Stefano quindi decide di far addormentare Malefica con un sonnifero e poi le porta via le sue ali. Quando il re vede quelle ali crede che la strega sia morta e cede la corona a Stefano, il quale comunque aveva lasciato la fata in vita.
Da quel giorno Malefica, disperata si rinchiude in una selva di rovi che rendono la brughiera inespugnabile e medita la sua vendetta contro re Stefano. Prende con sè un corvo che può trasformare in umano quando lo desidera e gli chiede di "essere le sue ali".
Finalmente un giorno nasce una bambina e Malefica si ripresenta per lanciare la sua celebre maledizione: all'età di 16 anni la fanciulla si pungerà il dito con un fuso e cadrà in un sonno mortale che solo il bacio del vero amore potrà risvegliare... Malefica e Stefano credono che il vero amore non esista perciò la maledizione suona come una condanna inappellabile.
Tre fate buone s'incaricano di crescere la bambina nel bosco, in modo che Malefica non possa trovarla ma la fata sa bene dove si nascondano e si diverte a far loro degli scherzi. Decide però di salvare sempre la bambina quando vede che è in difficoltà a causa della stoltezza delle fate. Divenuta fanciulla, Aurora conosce Malefica credendo che lei sia la sua fata madrina e poco a poco riesce a conquistarla con la sua grazia e la sua ingenuità. Grazie all'affetto della bambina, il freddo guscio di odio della fata si rompe e lei ricomincia ad amare ma non può più sciogliere quel maleficio e questo le causa una grande sofferenza. Quando compare il giovane Filippo, il corvo suggerisce a Malefica che forse il bacio del ragazzo potrebbe salvare Aurora così, lei lo porta al castello. Ma sorprendentemente il bacio del giovane non ha effetto. Disperata, la fata giura di non dimenticare mai la ragazza e le dà un bacio sulla fronte; "non esiste amore più vero di questo" commenta il corvo quando la fanciulla finalmente apre gli occhi.
Segue una sanguinosa battaglia tra la fata e re Stefano, accecato dall'odio. Accade però che Aurora scopra le ali tenute nascoste in una teca dal padre e riesca a restituirle alla sua madrina che diventaa così invincibile. Il re muore e Aurora torna a vivere con Malefica nella brughiera; a loro si unisce Filippo che sembra davvero innamorato della ragazza.
La contrapposizione tra mondo spirituale, governato dalle leggi della bontà e dell'armonia e mondo materiale, dominato dalla brama di potere e dalla cupidigia restano sullo sfondo di questa bellissima fiaba; si sovrappone l'alternanza tra principio femminile espropriato della sua possibilità di esprimersi (le ali della fata) e principio maschile che guarda alla propria sopravvivenza nei termini di ampliamento del controllo sui beni terreni. E' un mondo dove è logico conquistare e possedere mentre il regno della brughiera vuole soprattutto conservare e lasciar vivere in libertà qualsiasi essere, vivente e non vivente; persino una gemma infatti ha valore per se stessa e non in quanto può essere rivenduta o utilizzata. In questo senso Malefica impersona il femminile privato della sua dignità di esistere e di avere potere sulla realtà, femminile che è costretto a nascondersi e a difendersi e non è più in grado di esprimersi liberamente.
La fata divenuta malvagia rappresenta anche la figura materna che vive un conflitto interiore e prova sentimenti ambivalenti nei confronti della figlia: da una parte vorrebbe "addormentarla", rendere cioè innocua e ineffettiva la sua femminilità, dall'altra riscopre grazie a lei la purezza e la semplicità d'animo che ha perduto e che sono nutrimento per la sua anima. Sarà proprio grazie alla bambina infatti che Malefica recupererà le sue ali ovvero la sua potenza, riuscendo a non soccombere davanti all'odio del re.
La fiaba decreta la sconfitta del regno della sopraffazione e la vittoria del mondo incantato, il primato dei valori spirituali su quelli materialistici e la rivincita del femminile inteso come accoglienza, delicatezza e magia.
